Mittlerweile ist Koller zurück in Vereinsfußball und trainiert seit August in seiner Heimat den FC Basel. Nach starkem Start mit sechs Siegen in Folge läuft es jüngst nicht mehr wie erhofft. Gegen die ehemals von Ex-Salzburg-Coach Adi Hütter trainierten Young Boys Bern setzte es am 16. Spieltag eine 1:3-Heimpleite. Der Rückstand der Basler beträgt bereits 19 Zähler.
Wie das Schweizer Medium Blick nun schreibt, soll das Verhältnis zwischen Marcel Koller und Sportchef Marco Streller belastet sein, auch bei den Spielern ist Koller angeblich nicht unumstritten. So beschwerten sich einige Spieler nach der Niederlage gegen Bern erst bei Koller, dann sollen sie bei Streller und Präsident Bernhard Burgener vorstellig geworden sein und ihren Unmut über den Ex-ÖFB-Coach kundgetan haben. Ein möglicher Abgang von Streller oder Koller steht nach dem Zerwürfnis nun im Raum.